口袋妖怪火红版作为经典复刻作品，完整保留了初代关都地区的神兽体系，并新增了部分传说宝可梦。游戏内确实存在多只具有特殊剧情和捕捉条件的传说级神兽，包括三圣鸟、超梦等传统神兽，以及通过特殊事件解锁的梦幻等稀有存在。这些神兽不仅拥有远超普通宝可梦的种族值，其出现地点和捕捉方式也构成游戏的核心探索内容。
三圣鸟作为最具代表性的神兽群体，分别栖息在关都地区三个特殊地点。火焰鸟位于1号岛屿灯火山的火山口区域，需通过冲浪和攀瀑抵达；闪电鸟藏匿于无人发电厂最深处的机械设备间；急冻鸟则栖息在双子岛深处，需要推动岩石堵住地下瀑布形成通路才能遇见。这三只神兽等级均在50级左右，建议携带足够的高级球和状态异常道具进行捕捉，其属性弱点分别为岩石/水/电、地面/冰、岩石/火/钢。
超梦作为游戏中最强神兽，需通关后前往华蓝洞窟最底层捕捉。该洞穴需要掌握冲浪和攀瀑技能，且洞内布满高等级野生宝可梦。超梦等级高达70级，拥有极强的超能力属性技能，建议先使用恶系或虫系宝可梦削弱其战斗力。游戏初期在红莲岛废弃研究所可获得关于超梦背景的线索，这为后期捕捉埋下叙事伏笔。
梦幻作为特殊事件神兽，在正常游戏流程中无法直接遭遇。需要通过特定活动或特殊方式触发，其出现地点通常与游戏内某些隐藏区域相关。部分改版ROM会调整其获取方式，但原版火红中需借助外部活动道具。相较其他神兽，梦幻的等级较低但技能组合更为灵活，具备学习所有技能机的独特能力。
游戏后期在七之岛区域还隐藏着部分传承自金银版本的神兽，如凤凰和洛奇亚。这些神兽的捕捉需要完成特定支线任务，包括解决火箭队残余势力和修复岛屿生态等剧情。它们的出现等级普遍在60-70级区间，属性涵盖火/飞行和水/飞行，战斗时需注意其强大的专属技能。部分神兽如雷吉洛克等需要通过解谜激活古代遗迹才能触发战斗。
神兽的捕捉策略需结合其属性和技能特点。建议战斗前保存进度，配备足够的高级球、计时球和黑暗球。状态异常尤其是睡眠和麻痹能显著提高捕捉成功率。部分神兽会使用恢复类技能或逃跑，可携带具有特性沙穴或技能黑雾的宝可梦进行克制。神兽的个体值通常优于普通宝可梦，但性格随机，追求完美属性的玩家可能需要多次重置捕捉。
