进入副本是放开那三国3的核心玩法之一，玩家需要通过主线剧情解锁对应章节后才能挑战。普通副本作为基础关卡，需逐章通关以解锁后续难度，而精英副本则需先完成同章节的普通副本才能开启，其敌人属性提升约30%，但掉落更高品质的装备突破材料。每章副本地图均设计为可自由探索的8屏大地图，隐藏宝箱、随机事件及隐藏点分布需仔细交互触发。
副本入口位于主界面征战模块，分为主线、精英和活动三种类型。主线副本推进剧情的同时提供基础资源，精英副本则侧重高阶材料掉落，活动副本为限时开放的特殊玩法。进入前需确保队伍战力达到推荐值，否则可能触发敌方15%的伤害减免压制效果。部分副本如长坂坡存在地形机制，需手动拖动武将规避滚木或落石等场景伤害。
探索副本时需关注地图中的隐藏要素。每章副本地图左上角设有探索进度提示，未完美通关时可通过该功能查漏补缺。隐藏点通常位于特定场景元素旁，如第2章在左上角石碑处，第10章需进入最右侧隐藏点触发冰雪巨狼。宝箱守卫需针对性调整阵容，例如对高回血型敌人优先配置爆发输出，而对竖排攻击型敌人则分散站位以减少伤害。
三星通关需同时满足击败首领、全员存活等条件，未达成时结算界面会明确标注失败原因。新增的战报功能可查看魏蜀吴群雄等阵营的通关阵容便于优化战术。自动战斗系统适用于低难度副本，但高难度关卡建议手动操作关键技能，例如用郭嘉冰冻打断BOSS蓄力，或利用周瑜群体灼烧快速清场。
资源规划方面，每日体力建议优先用于活动副本，其次精英副本。装备养成需注意紫色品质以下无需精炼超过+5，金色装备优先强化武器和鞋子。武将培养应集中资源突破主力输出至三星，辅助类武将二星即可满足功能需求。通过合理分配资源与战术调整，可逐步攻克更高阶副本。
