隐藏道具的获取需要玩家仔细探索地图并使用探测器进行定位。隐藏道具通常分布在不起眼的角落或特定场景的固定位置，包括重要技能机器、稀有药品和特殊进化道具等。获取这些道具能显著提升游戏体验，但需要掌握正确的探索方法和路线规划。
隐藏道具的分布遵循特定规律，多数位于城镇建筑、道路两侧或洞穴深处。例如西罗夫公司社长室门口的盆景中间藏有精神片，水系道馆所在城市的某间屋子后花园也存在隐藏道具。部分关键道具如蓝宝石位于六之岛洞穴迷宫深处，需按上、左、右、下的路线获取，但会被火箭队研究员抢走并触发后续剧情。常磐森林、月见山等区域也分布着各类隐藏物品，需要反复探索才能发现。
游戏中期开始，隐藏道具的获取往往与主线剧情交织。在彩虹市大楼后门顶楼可取得伊布，而火箭队基地地下四层击败坂木后获得的观测镜是探索宝可梦塔的必要道具。七之岛遗迹的隐藏区域需要完成推石头解谜才能进入，此处可捕捉未知图腾。部分隐藏道具如红蓝宝石会直接影响地区通讯功能的开放进度，需优先获取。
隐藏道具的收集技巧包括：在室内注意调查所有可交互物件如电脑、花盆和海报；野外区域需对树木、岩石等环境元素保持敏感；使用探测器时注意声音频率变化。重要道具如宝可梦笛子需通过解救富士老人的剧情获得，用于唤醒挡路的卡比兽。游戏厅代币兑换处虽无直接隐藏道具，但可通过特定方式积累代币换取技能机器。
通关后的隐藏内容包含更多稀有道具。在一号岛屿山洞深处可找到红宝石，交给博士后可解锁四号岛屿的访问权限。五号岛屿火箭队基地需要组合密码またまたダマダマ和カブトはとぶか才能进入，内部藏有特殊精灵球。最终在七号岛完成推石头谜题后，可进入遗迹捕捉特殊形态的宝可梦。这些后期隐藏要素大幅扩展了游戏的可探索内容。
