通关一周目后，系统会引导你进入全新的七岛剧情，这些岛屿在初代红绿版中并未开放，算是火红叶绿独有的扩展内容。二周目一开始，大木博士会主动找上门，要求咱们收集60种宝可梦来升级全国图鉴，这个机制直接继承了初代完成图鉴的核心目标，但新增了岛屿探索的支线任务，让整个冒险更有层次感。
火箭队的卷土重来是二周目剧情的另一条暗线。虽然一周目已经击败了坂木老大，但残余成员仍在七岛活动，甚至试图抢夺红蓝宝石来重启邪恶计划。这种反派阴魂不散的套路和初代一脉相承，不过火红通过岛屿地图的设计让火箭队的行动范围更广，比如在灯火山洞窟和五岛仓库都能遇到他们的小分队，打起来比初代单纯的地下基地更有新鲜感。
二周目开放了三圣鸟和超梦的捕捉，这些宝可梦在初代就是传说中的存在，而火红不仅保留了它们的栖息地，还增加了更具体的触发条件。比如急冻鸟需要在二周目的双子岛深处用攀瀑技能才能遇见，超梦则藏在华蓝洞窟最底层，这种藏宝图式的探索体验比初代单纯靠等级压制更有意思。
最后不得不提训练师挑战系统的升级。初代打完四天王就基本没啥对手了，但火红二周目新增的训练师之塔和七岛上的隐藏NPC，比如冰天王科拿的客串战斗，明显是在弥补前作后期内容不足的问题。这些对手的宝可梦配置和战术都比一周目更刁钻，算是给老玩家准备的额外惊喜。
如果你玩过初代，会发现很多细节都在致敬前作，比如正辉的船票事件、幽灵塔的嘎啦嘎啦剧情，但火红用全新的地图和任务线把这些经典元素串成了更完整的故事链。
