基地保护是确保资源稳定生产和舰队持续发展的核心环节。基地一旦被攻破，系统会启动自动故障保护机制，将基地迁移至新地点重建，但资源和发展进度仍会遭受损失。玩家需从防御设施升级、舰队部署、战略布局等多方面入手，构建完善的防护体系。
基地防御能力的提升首先依赖于设施升级。扩建基地可增加耐久度和对舰对空火力，同时解锁更多高级防御设施。重点升级基地近防系统和防御系统，前者能配置舰载机编队参与战斗，后者则直接强化基地的耐久上限。前哨站指挥中心的建设也至关重要，它不仅是基地迁移的关键，还能对接资源点提升产能。需中型工程舰虽然指挥值消耗较高，但对资源采集效率的提升显著，应优先生产并投入防御工事的建设中。
主力舰队应包含战巡、航母等高战力舰船，并搭配支援型舰船保证生存能力。护卫舰队则以中小型舰船为主，负责清理低等级威胁。基地防卫舰队会随城市等级提升而增强，但玩家仍需主动编组舰队驻防。封锁战术可有效限制敌方行动，尤其在矿区或战略要地，封锁能阻止敌对势力接近并创造反击机会。战后维修需依赖基地船坞，因此确保船坞等级足够且资源储备充足是维持战力的关键。
战略布局的合理性直接影响基地的长期安全。优先将基地迁移至资源丰富且易守难攻的区域，例如靠近同盟控制的高等级城市或星门附近。前哨站应部署在资源带或交通要道，既能快速支援，又能对接资源提升产量。矿区建议由3名左右玩家共享，便于集中防御力量应对抢夺。若基地被迫迁移，需迅速利用工程舰重建关键设施，并避免暴露行进路线以防被追踪。
加入活跃同盟可获得更多支援，包括联合防御、资源共享和战略情报。同盟战争期间，成员应统一调度舰队，集中火力打击敌方关键目标。城市驻防需以高等级城市为重点，分配高繁荣度玩家驻扎，并利用前哨站实现快速增援。定期参与同盟任务和活动能积累额外资源，进一步巩固防御能力。
玩家需根据自身发展阶段调整防御重心，确保资源生产与军事力量平衡发展。尽管完全避免攻击不现实，但完善的防护体系能将损失降至最低，为后续反击或重建奠定基础。
