御三家指的是初始可选择的三种宝可梦：妙蛙种子、小火龙和杰尼龟。游戏开始时，玩家需要前往真新镇的大木研究所，在研究所的桌子上会看到三个精灵球，分别装有这三种宝可梦。玩家只能选择其中一只作为初始伙伴，选择后另外两只将由电脑保管，无法直接获取。这一选择将影响后续游戏进程，因为每种御三家都有不同的属性和进化路线。
选择御三家后，玩家的劲敌小茂会自动选择属性克制玩家所选宝可梦的另一只御三家。例如玩家选择小火龙，小茂就会选择杰尼龟。在游戏初期多次与劲敌的对战中，可以观察到另外两只御三家的成长情况。游戏设定中无法通过正常剧情获得另外两只未选择的御三家，除非通过特殊方式如交换或活动获取。
在游戏中期，玩家可以通过与其他玩家进行宝可梦交换来获得另外两只御三家。这需要两台游戏机和连接线，或者使用模拟器的联机功能。交换时需要确保双方拥有对方需要的宝可梦，并且愿意进行交换。部分改版游戏中可能会调整御三家的获取方式，但在原版火红版中交换是唯一合法途径。某些特殊活动中可能会赠送御三家，但这类情况较为罕见。
对于希望在单机模式下集齐御三家的玩家，可以考虑使用游戏漏洞或金手指代码。但需要注意这种方法可能会影响游戏平衡性和存档稳定性。在火红版中存在一些特定的漏洞操作，可以让玩家重复获取宝可梦，但具体操作方法较为复杂且存在风险。建议玩家优先考虑正常的交换方式，以保持游戏体验的完整性。
御三家的培养需要根据其属性特点制定不同的策略。妙蛙种子是草/毒属性，适合对抗水系和地面系宝可梦；小火龙是火属性，后期进化为喷火龙后增加飞行属性；杰尼龟是水系，在对抗岩石系和火系时具有优势。了解每种御三家的技能学习表和进化等级，对于队伍构建和道馆挑战都至关重要。合理分配经验值和技能机，可以让御三家发挥最大潜力。
在游戏后期，玩家可能会发现御三家虽然强大，但面对某些特定对手时也存在劣势。这时候就需要通过队伍搭配来弥补属性弱点。御三家的价值不仅体现在通关过程中，在对战塔和联机对战中也能发挥重要作用。培养一只完美的御三家需要投入大量时间和资源，但回报也十分可观。无论选择哪只作为初始伙伴，都应该坚持培养到底，见证其从幼体到完全体的成长历程。
