奇迹暖暖的剧情设定在一个名为奇迹大陆的奇幻世界，故事围绕主角暖暖展开。她原本是来自现实世界的少女，因莉莉斯王国女王娜娜莉的召唤而穿越至此。女王希望暖暖能通过搭配之力改变大陆的命运，阻止即将爆发的战争。奇迹大陆由七个风格迥异的国家组成，包括苹果联邦、信鸽王国、云端帝国等，每个国家都有独特的文化背景和服饰风格。剧情主线以寻找萨耶王遗作为核心，各国为争夺这三件宝物濒临战争边缘，最终通过搭配赛决定归属权。
游戏剧情采用章节式推进，第一卷从暖暖初到麦川小镇开始，逐步揭露星之海失窃、设计师茶话会阴谋等事件。第二卷则深入探索奇迹大陆的历史秘密，如矮人一族的遗忘历史与奇拉塔石城的谜团。剧情中穿插了大量人物支线，例如绫罗的牺牲、海樱家族的白樱恋歌失窃等，这些事件共同构建了庞大的世界观。剧情并非单纯围绕换装展开，而是将服饰设计与政治斗争、文明存续等主题结合，形成独特的叙事风格。
核心冲突集中在铁蔷薇搭配师团与暖暖阵营的对抗。铁蔷薇由信鸽帝国艾莉女皇组建，旨在通过武力收集服装部件，而暖暖则坚持用搭配之力和平解决问题。剧情中多次出现搭配即武器的设定，例如在凌云城战役中，尼德霍格违反规则使用武力导致绫罗身亡，这一转折点深刻揭示了游戏以衣载道的主题。萤光之灵的设定进一步丰富了剧情，这种由设计师提炼的能量物质，将服装提升至影响文明进程的高度。
叙事手法上采用多视角碎片化呈现，通过梦境片段、回忆闪回等方式逐渐拼凑真相。例如暖暖在游历过程中会触发织梦人学会任务，了解设计师埃洛创立组织的初衷。这种设计使得剧情具有悬疑感和探索性，但部分玩家认为线索过于分散。后期剧情涉及时间穿越元素，暗示暖暖可能通过改变过去影响未来，为故事埋下更大伏笔。剧情虽带有奇幻色彩，但对服装文化、权力博弈等议题的探讨使其具备一定深度。
对于剧情体验，玩家需注意两点：一是部分关键信息隐藏在服装描述和活动剧情中，需仔细阅读；二是主线与支线相互补充，例如联盟委托任务会揭示各国背景故事。虽然剧情存在叙事节奏不均衡的问题，但其将换装玩法与文明兴衰主题结合的创意，在同类游戏中仍属独特。若想完整理解剧情，建议按章节顺序推进，并关注奇迹暖暖WIKI等平台整理的编年史资料。
