秦时明月手游的故事背景深度还原了同名动漫的历史架构与江湖恩怨，以秦始皇统一六国到楚汉争霸为时间轴，将诸子百家思想碰撞与武侠元素紧密结合。游戏通过主线章节、角色列传等形式，将荆轲刺秦、墨家机关城守卫战等关键历史事件与虚构剧情交织，构建出宏大的叙事框架。玩家在推进关卡时会触发镜湖医庄、桑海城等标志性场景的剧情演绎，这些场景不仅是战斗舞台，更是承载人物命运的重要载体。阴阳家、儒家、墨家等势力的立场冲突，通过NPC对话和任务文本自然呈现，使玩家在战斗间隙能沉浸于世界观铺陈中。
角色个人故事线是背景展开的重要支点，每个可收集角色都配有专属传记任务。例如端木蓉的剧情着重展现其赴救愈苍生的医者仁心，通过药庐问诊、采药遇险等事件丰满人物形象；盖聂的列传则围绕其百步飞剑传承与护卫荆天明的主线展开，补充了动画中未详尽描写的细节。这些个人叙事与历史大事件形成微观与宏观的呼应，赤练关于韩国覆灭的回忆、张良辅佐刘邦的谋划等支线，都在不同维度拓展了历史缝隙中的想象空间。
游戏采用多线并行的叙事结构，除传统线性关卡外，还设有墨家禁地等特殊副本深化背景设定。禁地玩法中出现的鬼谷机关、阴阳咒印等元素，通过场景解谜与BOSS战前的剧情动画，自然融入诸子百家的势力特征。当玩家操作角色突破层层机关时，会触发卫庄与盖聂的宿敌对话、星魂施展阴阳术等情节演出，这些片段式叙事既服务战斗体验，又零存整取地拼凑出完整的权力博弈图景。特别设计的论剑玩法中，不同阵营角色的对战台词往往暗含人物关系伏笔。
时空交错的表现手法增强了历史沉浸感，游戏将博浪沙刺秦、焚书坑儒等事件转化为可交互的战场，玩家在操作角色躲避秦军箭阵或护送典籍时，能直观感受历史洪流中个体的抉择困境。重要场景如儒家小圣贤庄会随剧情推进改变风貌，从初期的学术净土到后期遭秦兵围剿的颓垣，环境叙事无声传递着暴政对文化的摧残。这种动态演变的世界设计，使故事背景不再是静态文本，而成为可感知的渐进式体验。
音乐与美术的协同塑造提升了叙事感染力。战斗时突然响起的月光变奏曲、镜湖医庄的潺潺水声、阴阳家据点诡异的编钟音效，这些听觉符号与场景美术形成通感。当玩家操控角色在雪夜奔赴战场，或于残阳下与故人对峙时，环境光影与角色技能特效会构成视觉隐喻，如赤练的火焰特效常与回忆杀镜头同步出现，星魂的紫色气刃总伴随着空间扭曲特效，这些细节设计将抽象的背景设定转化为具象的情感冲击。
